Iniziò l'attività di musicista ad Erfurt, in Turingia, regione centrale della Germania, e contribuì allo sviluppo della musica sacra della Chiesa Protestante con numerose opere principalmente per tastiera.

Le armonizzazioni corali liturgiche da lui create traevano ispirazione - secondo molti storici della musica - dall'opera del giovane Johann Sebastian Bach il cui fratello maggiore, Johann Christoph, fu studente di organo presso lo stesso Pachelbel. Eisenach era la città natale di Ambrosius Bach e luogo di nascita dei numerosi figli di quest'ultimo, fra i quali Johann Sebastian e Johann Christoph. Pachelbel fu padrino della figlia di Ambrosius Bach (sorella di Johann Sebastian), Johanna Judith Bach.

Oltre al celebre Canone e a numerosi arrangiamenti per inni liturgici, Pachelbel scrisse un cospicuo numero di cantate per la chiesa luterana e sonate da camera per vari strumenti, soprattutto violino.

Fu maestro dI Johann Heinrich Buttstett e i suoi figli Wilhelm Hieronymus e Charles Theodore divennero anch'essi organisti e compositori.

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